雖然不同的生物質燃料之間存在相應差別，但不論何種生物燃料都比傳統的礦物燃料（汽油和柴油等）更高效更清潔，有利于減緩氣候變化。

　　生物多樣性方面

　　生物燃料可能帶來的問題大規模使用生物燃料也有可能帶來使農業及生態遭受重大影響的風險。能源作物種植滲入自然景觀這一后果顯然將導致棲息地破壞和割裂，從而直接造成生物多樣性的喪失。若生物質的種植和管理過程中采用不可持續的農業做法（如過度使用化肥可能造成土壤流失或板結），則可進一步造成生物多樣性喪失。

　　耕地方面

　　可用于能源生物質種植的土地面積是有限的，能源生物質種植可能同現有的農用土地構成競爭。聯合國在《可持續能源：決策者框架》報告指出，生物燃料的生產會通過占用土地和其他所需資源，進而影響糧食足量供給，而且那些生產生物燃料的農作物往往需要好的土地、大量水資源和化學肥料。

　　糧食生產方面

　　用麻瘋樹（又名桐油樹）可用于生產生物燃料，這些作物可生長在不適于糧食作物生長的荒地、幾乎不需施肥，其種子亦不可食用，對糧食生產影響更小。但有科學家認為：有些第三世界國家的農民，可能會為了賺錢，而把原本用來生產糧食作物的土地，拿來種植能源作物，其發展有減少糧食生產的危險性。

　　全球糧食儲備已從2010年的1.75億噸下降到目前的1億噸。另一方面，生物燃料每年卻要“吃掉”1.5億噸糧食。如果停止其生產，全球就有足夠的糧食儲備，糧價也不會暴漲。